Repetition af kapitel A7

Her er kapitel A7, DNA’s kemi, samlet på én side. Sæt flueben ved det, du kan. Er du i tvivl, så åbn Kort sagt, eller læs afsnittet igen.

A7.1 Nucleotider

Det skal du kunne

  • beskrive de tre dele i et nucleotid
  • kende forskel på deoxyribose og ribose og bruge numrene 1′ til 5′
  • kende de fem baser og inddele dem i puriner og pyrimidiner
  • finde de funktionelle grupper i en base
  • forklare, hvilke bindinger der holder de tre dele sammen
  • DNA er en polymer af nucleotider.
  • Et nucleotid består af en phosphatgruppe, sukkeret deoxyribose og en base.
  • Baserne er adenin, guanin, cytosin og thymin. Adenin og guanin er puriner med to ringe, og cytosin og thymin er pyrimidiner med én ring.
  • Baserne er flade ringe med nitrogenatomer og med polære grupper på kanten.
  • Phosphatgruppen er bundet til carbonatom 5′ med en esterbinding, og basen er bundet til carbonatom 1′.

Læs afsnit A7.1 · Opgaver til A7.1

A7.2 DNA-strengen

Det skal du kunne

  • beskrive, hvordan nucleotider bindes sammen til en streng
  • forklare, hvad 5′-enden og 3′-enden er, og skrive en rækkefølge af baser
  • forklare, hvorfor DNA er en syre og er negativt ladet ved pH 7
  • forklare, hvordan positive ioner og proteiner binder sig til DNA
  • forklare, hvordan stykker af DNA kan skilles ad efter længde
  • Nucleotider bindes sammen ved kondensation, og bindingen hedder en phosphodiesterbinding.
  • Sukker og phosphat danner strengens rygrad, og baserne stikker ud til siden.
  • Sekvensen skrives fra 5′-enden til 3′-enden.
  • Phosphatgrupperne har pKs omkring 1, så DNA er negativt ladet ved pH 7.
  • Positive ioner og positivt ladede sidekæder i proteiner binder sig til DNA med ion-ionbindinger.
  • I gelelektroforese vandrer DNA mod pluspolen, og korte stykker vandrer længst.

Læs afsnit A7.2 · Opgaver til A7.2

A7.3 Baseparring og dobbeltspiralen

Det skal du kunne

  • udpege de grupper i en base, der kan give og tage imod en hydrogenbinding
  • forklare, hvorfor adenin parrer med thymin og guanin med cytosin
  • finde den komplementære streng til en sekvens og regne med basernes andele
  • beskrive dobbeltspiralen og de bindinger, der holder den sammen
  • Adenin parrer med thymin med 2 hydrogenbindinger, og guanin parrer med cytosin med 3.
  • En gruppe, der giver et hydrogenatom, skal stå over for en gruppe, der tager imod.
  • De to strenge er komplementære og løber hver sin vej.
  • I dobbeltstrenget DNA er der lige meget A og T og lige meget G og C.
  • Dobbeltspiralen holdes sammen af hydrogenbindinger mellem baserne og londonbindinger mellem de stablede basepar.

Læs afsnit A7.3 · Opgaver til A7.3

A7.4 Når DNA smelter

Det skal du kunne

  • beskrive smeltning af DNA som en ligevægt mellem dobbeltstreng og enkeltstrenge
  • forklare fortegnene for ΔH og ΔS, når strengene skilles, og bruge ΔG = ΔH − T · ΔS
  • aflæse smeltetemperaturen på en smeltekurve
  • forklare, hvorfor DNA med meget G og C smelter ved en højere temperatur
  • bestemme koncentrationen af DNA ud fra absorbansen ved 260 nm
  • Dobbeltstrenget DNA er i ligevægt med to enkeltstrenge.
  • Når strengene skilles, er både ΔH og ΔS positive, så høj temperatur skiller strengene.
  • Smeltetemperaturen Tm er den temperatur, hvor halvdelen er smeltet.
  • Smeltningen følges med absorbansen ved 260 nm, som stiger, når strengene skilles.
  • Meget G og C giver en høj smeltetemperatur, fordi de holdes sammen af 3 hydrogenbindinger.
  • En absorbans på 1,00 ved 260 nm svarer til 50 µg dobbeltstrenget DNA pr. mL.

Læs afsnit A7.4 · Opgaver til A7.4

A7.5 PCR: kopiering i et reagensglas

Det skal du kunne

  • beskrive den reaktion, enzymet DNA-polymerase katalyserer
  • forklare de tre trin i en PCR-cyklus ud fra temperaturen
  • forklare, hvorfor enzymet i PCR skal kunne tåle varme
  • beregne antallet af kopier efter et antal cyklusser
  • forklare, hvad en primer er, og hvorfor den er nødvendig
  • DNA-polymerase sætter nucleotider på 3′-enden af en streng, som sidder på en skabelonstreng.
  • OH-gruppen i 3′-enden er nucleofilen, og en diphosphation er den udgående gruppe.
  • En PCR-cyklus har tre trin: 95 °C skiller strengene, omkring 55 °C lader primerne binde, og ved 72 °C bygger enzymet nye strenge.
  • Enzymet kommer fra en bakterie fra varme kilder og tåler 95 °C.
  • Antallet af kopier fordobles i hver cyklus: N = N0 · 2n.

Læs afsnit A7.5 · Opgaver til A7.5

A7.6 Fra DNA til protein

Det skal du kunne

  • beskrive de to trin fra DNA til protein
  • oversætte en sekvens i DNA til mRNA og videre til aminosyrer
  • forklare, hvordan én ændret base kan give et protein med andre egenskaber
  • Ved transskription bygges en mRNA-streng med samme sekvens som den kodende streng i DNA, med U i stedet for T.
  • Ved translation læses mRNA i codons på tre baser, og hvert codon giver én aminosyre.
  • Den genetiske kode har 64 codons for 20 aminosyrer og tre stopsignaler.
  • En mutation kan skifte én aminosyre ud, og en anden sidekæde kan ændre proteinets egenskaber.
  • Ved seglcelleanæmi er en negativt ladet sidekæde skiftet ud med en upolær.

Læs afsnit A7.6 · Opgaver til A7.6

A7.7 Skader på DNA og lægemidler

Det skal du kunne

  • forklare, hvordan cytosin kan blive til uracil, og hvorfor det er en skade
  • forklare, hvordan ultraviolet lys binder to thyminbaser sammen
  • forklare, hvordan lægemidlet cisplatin binder sig til DNA
  • forklare, hvordan et lægemiddel, der ligner et nucleotid, kan stoppe en DNA-streng
  • Cytosin kan reagere med vand og blive til uracil, som parrer med adenin i stedet for guanin.
  • Ultraviolet lys kan binde to thyminbaser sammen ved en addition.
  • Cisplatin er et platinkompleks, der bliver aktivt inde i cellen og binder sig til to guaninbaser.
  • AZT mangler OH-gruppen på carbonatom 3′, så en DNA-streng med AZT ikke kan blive længere.
  • Mutationer er skader, der ikke bliver repareret.

Læs afsnit A7.7 · Opgaver til A7.7